潛山市農業科學研究所作為一家社會公益型新型研發機構，橫向合作單位有中國熱帶農業科學院、江南大學、海南大學、安徽省農業科學院、安徽省循環經濟研究院、安徽農業大學、北京中合金諾認證中心。

潛山市農業科學研究所內設綜合管理辦公室、產學研合作指導科、科技產業管理科、財務科。下設12個試驗站（場），試驗示范基地面積超過2.3萬畝，并通過技術成果轉化的方式參與投資4個產業經營公司。

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